HRZZ uspostavna potpora izv. prof. dr.sc. Vesna Boraska Perica



Naziv HRZZ Uspostavne potpore:
Genome-wide association analysis of Hashimoto thyroiditis (Cjelogenomska analiza povezanosti Hashimotovog tiroiditisa)

Trajanje projekta: 15.09.2014.-14.01.2018.

Voditelj projekta: Izv. prof. dr. sc. Vesna Boraska Perica

Suradnici na projektu: prof. dr. sc. Tatijana Zemunik, prof. dr. sc. Ante Punda, prof. dr. sc. Eleftheria Zeggini, doc. dr. sc. Maja Barbalić, prof. dr. sc. Veselin Škrabić, dr. sc. Vesela Torlak, dr. sc. Stana Tokić, dr. med. Sanda Gračan, dr. med. Ana Barić, Luka Brčić, mag. math., Ivana Gunjača,, dipl. ing. mol. bio., Dean Kaličanin, mag. biol. i eko.mora.



Kratki opis projekta:
Bolesti štitnjače pogađaju više od 10% populacije i predstavljaju važan javnozdravstveni problem. U ovom istraživanju će se pokušati odrediti genetske odrednice za razvoj bolesti Hashimotov tiroiditis (HT). U istraživanje će biti uključena skupina pacijenata s HT-om i kontrolni ispitanici. Ispitanicima će se izolirati DNA i odrediti genotipovi na razini čitavog genoma. Usporedbom genetskih varijanti između oboljelih ispitanika prikupljenih u ovom projektu i kontrolnih ispitanika u tzv. analizi cjelokupnog genoma pokušati ćemo odrediti genetske varijante koje su uključene u razvoj bolesti štitnjače. Analiza cjelokupnog genoma je dokazano pouzdana metoda u istraživanju genetske predispozicije složenih bolesti, a bazira se na pretpostavci da sve genomske regije mogu imati jednaki utjecaj na nastanak neke bolesti.  Osnovna ideja ovog projekta je identificirati genetske biljege koji sudjeluju u etiologiji (razvoju) HT-a da bi pomogli u razumijevanju temeljnih bioloških putova povezanih s funkcijom štitnjače i mehanizmima nastanka bolesti štitnjače, a sve u cilju poboljšanja liječenja bolesti i razvoja novih prevencijskih, dijagnostičkih i terapeutičkih metoda.

Osnovni ciljevi projekta:
Formiranje biobanke bioloških uzoraka i fenotipova 500 ispitanika oboljelih od HT-a (cilj 1); cjelogenomsko genotipiziranje i provođenje analize povezanosti (cilj 2); analiza interakcije između genetskih varijanti s okolišnim čimbenicima i analiza bioloških puteva (cilj 3); detaljna fenotipska karakterizacija ispitanika oboljelih od HT-a (cilj 4).

Opis projektnih aktivnosti doktoranda
Doktorand će biti uključen u provođenje svih ciljeva projekta. U cilju 1 doktorand će biti zadužen za formiranje računalne biobanke fenotipova 500 ispitanika oboljelih od Hashmotovog tiroiditisa (HT). Cilj 2 je najopsežniji cilj projekta i tema doktorskog rada doktoranda najvećim će dijelom biti povezana s ovim ciljem. Tema će biti bazirana na pronalaženju genetskih varijanti koje sudjeluju u nastanku HT-a provodeći cjelogenomsku analizu povezanosti između 500 pacijenata i 500 zdravih ispitanika. Cjelogenomsko analiziranje će provoditi doktorand koristeći napredne programe posebno dizajnirane za rad u području statističke genetike. Doktorand će kao glavni analizator podataka biti uključen u provođenje ostalih ciljeva koji se odnose na analizu genotipsko-okolišnih interakcija i bioloških puteva koji sudjeluju u nastanku HT-a (cilj 3) te u provođenju detaljne fenotipske karakterizacije ispitanika (cilj 4).  

Project summary:
Autoimmune thyroid diseases (AITD) are very common and affect 2-5% of the general population. The most frequent form of AITD is Hashimoto thyroiditis (HT) that is characterised by progressive destruction of thyroid tissue. Many studies tried to unravel genetic contribution to HT development in the past few decades but with low success. The breakthrough of the genome-wide association studies (GWAS) tremendously increased the rate of detecting novel associations. However, HT has been unrepresented in the GWAS mostly because of the lack of large cohorts of HT patients and the performance of such study is a matter of urgency. We plan to recruit 500 HT patients and to create a DNA/serum/plasma biobank of deeply phenotyped HT patients that will serve as a powerful resource for current and future investigations. The aim of this study is to identify genetic variants underlying HT by performing the first GWAS focusing on HT exclusively. We will use newly recruited HT patients and 500 existing controls (from the “10,000 Dalmatians” study) in case-control GWAS and validate observed associations in an independent replication cohort. To further help in elucidating genetic contribution to HT we will perform pathway analysis and gene-interaction analysis using variety of environmental factors and medical records that will be collected from HT patients. We will also perform deep phenotype characterisation of HT patients that may provide additional clues about HT aetiology. This is timely planned study that aims to generate new knowledge that will advance our understanding of the genetic basis and underlying biological mechanisms of HT. This knowledge will be crucial in guiding the development of new prevention, diagnostic and therapeutic methods. Other benefits of this project include promotion of collaboration, transfer of knowledge, building of infrastructure and it will help in establishment of independent research carrier of principal investigator.

Znanstveni radovi:
Brčić Luka, Gračan Sanda, Barić Ana, Gunjača Ivana, Torlak Lovrić Vesela, Kolčić Ivana, Zemunik Tatijana, Polašek Ozren, Barbalić Maja, Punda Ante, Boraska Perica Vesna. Association of Established Thyroid-stimulating Hormone and Free Thyroxine Genetic Variants with Hashimoto's Thyroiditis, Immunological Investigations, 2017, Aug;46(6):625-638.
 
Barić Ana, Brčić Luka, Gračan Sanda, Torlak Lovrić Vesela, Gunjača Ivana, Šimunac Marta, Brekalo Marko, Boban Mladen, Polašek Ozren, Barbalić Maja, Zemunik Tatijana, Punda Ante, Boraska Perica Vesna. Association of established hypothyroidism-associated genetic variants with Hashimoto's thyroiditis, Journal of Endocrinological Investigation, 2017, Oct;40(10):1061-1067
 
Brčić L, Barić A, Gračan S, Brdar D, Torlak Lovrić V, Vidan N, Zemunik T, Polašek O, Barbalić M, Punda A, Boraska Perica V. Association of established thyroid peroxidase autoantibody (TPOAb) genetic variants with Hashimoto's thyroiditis. Autoimmunity. 2016 Jun 7:1-6.


Kongresni sažeci:

Luka Brčić, Ana Barić, Sanda Gračan, Dean Kaličanin, Ivana Gunjača, Vesela Torlak Lovrić, Marko Brekalo, Marta Radman, Veselin Škrabić, Stana Tokić, Mario Štefanić, Ljubica Glavaš-Obrovac, Tatijana Zemunik, Maja Barbalić, Ante Punda, Vesna Boraska Perica. "Genome-wide association analysis approach in identifying loci for complex diseases, an example for Hashimoto's thyroiditis". Second Adriatic Symposium on Biophysical Approaches in Biomedical Studies, 24.09.2017 - 28.09.2017, Split

  Pozvano predavanje – izv. prof. Vesna Boraska Perica
 

Luka Brčić, Ana Barić, Sanda Gračan, Ivana Gunjača, Vesela Torlak Lovrić, Marko Brekalo, Veselin Škrabić, Tatijana Zemunik, Maja Barbalić, Ante Punda, Vesna Boraska Perica. "Genome-wide association analysis of thyroid volume and thyroid antibodies in Hashimoto's thyroiditis“. Second Adriatic Symposium on Biophysical Approaches in Biomedical Studies, 24.09.2017 - 28.09.2017, Split

 Kratka oralna prezentacija - Luka Brčić, mag. math.


Dean Kaličanin, Luka Brčić, Ana Barić, Sanja Zlodre, Maja Barbalić, Vesela Torlak Lovrić, Ante Punda, Vesna Boraska Perica. Genome-wide association analysis of food intolerance in patients with Hashimoto's thyroiditis. The 10th ISABS Conference in Forensic, Anthropologic and Medical Genetics and Mayo Clinic Lectures in Translational Medicine, Dubrovnik, Croatia

 Kratka oralna prezentacija - Dean Kaličanin, mag.biol. i eko.mora


Vesna Boraska Perica, Luka Brčić, Ana Barić, Sanda Gračan, Dean Kaličanin, Ivana Gunjača, Vesela Torlak Lovrić, Marko Brekalo, Marta Radman, Veselin Škrabić, Ana Miljković, Ivana Kolčić, Stana Tokić, Mario Štefanić, Ljubica Glavaš-Obrovac, Ozren Polašek, Tatijana Zemunik, Maja Barbalić, Ante Punda. „A genome-wide association analysis of Hashimoto’s thyroiditis“. American Society of Human Genetics Annual Meeting, 17-21 listopada 2017., Orlando, Florida, SAD,  

Poster

Brčić L, Barić A, Gračan S, Brdar D, Torlak V, Vidan N, Zemunik T, Polašek O, Barbalić M, Punda A, Boraska Perica V. Hashimoto's thyroiditis and thyroid peroxidase autoantibody levels share genetic background.VI. Hrvatski kongres humane genetike, Split, 5.-7.11.2015.

Poster

Barić A, Brčić L, Gračan S, Torlak Lovrić V, Gunjača I, Šimunac M, Boban M, Zemunik T, Polašek O, Barbalić M, Punda A, Boraska Perica V. Association of established hypothyroidism associated genetic variants with Hashimoto's thyroiditis. Annual Congress of the European Association of Nuclear Medicine, Barcelona, 15.-19.10.2016.

Poster

Promocija projekta:

HRZZ predstavljanje programa „Uspostavni istraživački projekti“, predavanje pod nazivom Cjelogenomska analiza povezanosti Hashimotovog tiroiditisa", Izv. prof. Vesna Boraska Perica.

Diplomski radovi:

Diplomantica Iva Anić je obranila diplomski rad pod nazivom „Fenotipska karakterizacija ispitanika oboljelih od Hashimotovog tiroiditisa“ pod mentorstvom izv. prof. Vesne Boraska Perica.

 Iva Anić, mag. pharm. i članovi povjerenstva 
 

Ispiši stranicu